Der Fachbereich Politik- und Sozialwissenschaften ist interdisziplinär ausgerichtet und kooperiert innerhalb und außerhalb der Freien Universität Berlin mit einer Vielzahl von Fächern und Institutionen.

An der Freien Universität Berlin bilden gegenwärtig neun Wissensallianzen, mit denen wesentliche übergeordnete Fragestellungen benannt werden und unter denen sich fächerübergreifend Forschungsaktivitäten zusammenfassen lassen, das wissenschaftliche Profil ab. Das Forschungsspektrum des Fachbereichs Politik- und Sozialwissenschaften schließt an sechs dieser Wissensallianzen, "Kulturelle Dynamiken", "Transregionale Beziehungen", "Bildungsprozesse und Bildungserträge", "Mensch-Umwelt-Interaktion", "Un-Sicherheit - Sicherheitsforschung" und "Gesundheit und Lebensqualität" an.

Auch an der von der Freien Universität Berlin, der Humboldt-Universität zu Berlin, der Technischen Universität Berlin und der Charité-Universitätsmedizin Berlin gemeinsam gegründeten Berlin University Alliance ist der Fachbereich Politik- und Sozialwissenschaften beteiligt. Seine Mitglieder sind im Steering Committee, als Projektleiter*innen und beteiligte Wissenschaftler*innen in diesem integrierten Forschungsverbund vertreten. 

Darüber hinaus arbeiten die Wissenschaftler*innen des Fachbereichs Politik- und Sozialwissenschaften in einer Vielzahl von Forschungsprojekten, aber auch in der Lehre und bei der Betreuung von Nachwuchswissenschaftler*innen eng mit Angehörigen anderer universitärer oder nichtuniversitärer Einrichtungen in der Berliner Forschungslandschaft zusammen. Zu diesen Einrichtungen gehören u.a. das Wissenschaftszentrum Berlin für Sozialforschung, das Deutsche Institut für Wirtschaftsforschung und das Leibniz-Zentrum Moderner Orient.